ซอฟต์แวร์ Quartus® II จะป้องกันไม่ให้คุณเชื่อมต่อนาฬิกาที่กู้คืนจากตัวรับสัญญาณไปยังอินพุตสัญญาณนาฬิกาอ้างอิงของ PLL ตัวส่งสัญญาณ
นาฬิกาที่กู้คืนจะถูกแยกออกจากนาฬิกาที่ฝังอยู่ในกระแสข้อมูลที่ได้รับ เนื่องจากกระแสข้อมูลได้แพร่กระจายไปทั่วทั้งช่องสัญญาณ สัญญาณนาฬิกาที่กู้คืนจะมีลักษณะของค่า Jitter ที่ไม่ได้กําหนดไว้ ซึ่งหากป้อนเข้าสัญญาณนาฬิกาอ้างอิงของ PLL ของตัวส่งสัญญาณ อาจทําให้เกิดค่า jitter การส่งสัญญาณเกินข้อมูลจําเพาะของโปรโตคอล
วิธีการที่แนะนําในการปรับใช้สถาปัตยกรรมซิงโครนัสของนาฬิกาที่กู้คืนคือการกําหนดเส้นทางนาฬิกาที่กู้คืนนอกFPGA และเพื่อส่งสัญญาณนาฬิกาผ่านตัวล้างสัญญาณนาฬิกาก่อนกําหนดเส้นทางกลับไปยังFPGAผ่านพินนาฬิกาอ้างอิงตัวรับส่งสัญญาณเฉพาะ