มีปัญหาซอฟต์แวร์ที่ทราบกันดีเมื่อคุณเปิดใช้งานทั้งโหมด "Data Rate Division in TX" และ "Channel and TX PLL select/reconfig" ในบล็อก ALTGX_RECONFIG การกําหนดค่าช่องสัญญาณใหม่จะไม่เริ่มขึ้นทั้งในการจําลองและอุปกรณ์ ปัญหานี้เชื่อมโยงกับStratix® IV GX/GT และArria® อุปกรณ์ II GX
โซลูชันปัจจุบันคือการเปิดใช้งาน "การตรวจสอบโหมดที่ไม่ถูกต้อง" ในอินสแตนซ์ ALTGX_RECONFIG เมื่อเปิดโหมดการกําหนดค่าใหม่ทั้งสองโหมด ปัญหานี้จะได้รับการแก้ไขในอนาคต Quartus® เวอร์ชั่นซอฟต์แวร์ II