เนื่องจากปัญหาในซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 13.0, Qsys อาจไม่สามารถเปิดใช้งานเมื่อถูกเรียกใช้จาก Quartus II GUI ปัญหานี้เกิดขึ้นบนระบบปฏิบัติการ Linux เช่น Red Hat 6 ซึ่งไม่มีไลบรารีรันไทม์ 32 บิต C, libstdc .so.6
ในการแก้ไขปัญหานี้ ให้ใช้ตัวติดตั้ง Red Hat เพื่อติดตั้งไลบรารีรันไทม์ C เวอร์ชัน 32 บิต
ปัญหานี้ได้รับการกําหนดเวลาให้แก้ไขในซอฟต์แวร์ Quartus II ในอนาคต