เนื่องจากปัญหาในซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 11.0 การจําลอง PLL ในอุปกรณ์ Stratix® V จะแสดงความถี่สัญญาณนาฬิกาเอาต์พุตเดียวกันเสมอโดยไม่คํานึงความถี่ของสัญญาณนาฬิกาอ้างอิง
ปัญหานี้ได้รับการแก้ไขแล้วเริ่มต้นด้วยซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชั่น 11.0 SP1 ซึ่งการจําลองแสดงคําเตือนเนื่องจากสัญญาณนาฬิกาอ้างอิงไม่มีระยะเวลาที่ระบุ อย่างไรก็ตาม ความถี่สัญญาณนาฬิกาเอาต์พุตจะปรับตามความถี่ของสัญญาณนาฬิกาอ้างอิง