HPS GPIO ได้รับการกําหนดค่าโดยซอฟต์แวร์ HPS ในระหว่างกระบวนการเริ่มต้นระบบ ตราบเท่าที่เปิดใช้งาน HPS GPIO ในระบบ Platform Designer โดยทํางานอยู่หลังจากกําหนดค่าโดยซอฟต์แวร์ FSBL และสามารถควบคุมโดยซอฟต์แวร์ผู้ใช้ได้ Intel® Quartus®ซอฟต์แวร์ Prime Edition ควรสร้างคําเตือนหรือข้อผิดพลาดหากมีการเปิดใช้งานสัญญาณเหล่านี้ในระบบ Platform Designer แต่ไม่ได้เชื่อมต่อกับพินอุปกรณ์ในการออกแบบ
เวอร์ชันในอนาคตของซอฟต์แวร์ Intel Quartus Prime Edition มีกําหนดที่จะสร้างข้อความแสดงข้อผิดพลาด/คําเตือนหากเปิดใช้งานสัญญาณ HPS GPIO ในระบบ Platform Designer แต่ไม่ได้เชื่อมต่อกับพินอุปกรณ์ในการออกแบบ